Việc khai thác cát từ lòng sông đã ngăn chặn một phần đáng kể dòng chảy trầm tích, dẫn đến tình trạng thiếu trầm tích ở Đồng bằng sông Cửu Long. Ở hạ lưu sông Cửu Long, lượng trầm tích khai thác gấp khoảng bảy lần lượng trầm tích tự nhiên. Đây là một vấn đề nghiêm trọng, vì đồng bằng cần đủ trầm tích để tránh bị chìm xuống dưới mực nước biển.

Từ năm 2010 đến năm 2020, sản lượng xi măng của Việt Nam đã tăng gấp đôi: từ khoảng 50 triệu tấn lên hơn 100 triệu tấn, và trong những năm tới, nhu cầu này sẽ tiếp tục tăng↗. Nếu nhu cầu này tiếp tục được đáp ứng bằng việc khai thác cát từ sông Mekong, điều này sẽ làm trầm trọng thêm tình trạng thiếu hụt phù sa ở Đồng bằng sông Mekong.

Một phần lớn vấn đề nằm ở việc báo cáo không đầy đủ về lượng cát khai thác. Mặc dù có các quy định quy định lượng cát mà các công ty được phép khai thác từ sông Mekong, nhưng việc kiểm tra rất khó khăn. Thêm vào đó, hoạt động khai thác cát trái phép vẫn đang diễn ra.

Những tác động tiêu cực của việc khai thác cát, kết hợp với tác động của các đập thủy điện ở thượng nguồn sông Mekong, mực nước biển dâng cao tuyệt đối và hiện tượng sụt lún đất, đang gây ra hiện tượng mực nước biển dâng tương đối cực kỳ cao ở Đồng bằng sông Mekong. Đây là mối đe dọa rất nghiêm trọng đối với người dân sinh sống trong khu vực.