Sụt lún đất hiện nay được xem là một trong những mối đe dọa nghiêm trọng nhất đối với Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), bởi đây là quá trình hạ thấp bề mặt địa hình diễn ra âm thầm nhưng liên tục, làm gia tăng nhanh chóng nguy cơ ngập lụt, xói lở bờ sông – bờ biển và xâm nhập mặn. Khác với nước biển dâng là tác động từ bên ngoài, sụt lún đất khiến chính nền đồng bằng bị “chìm xuống”, từ đó làm mực nước tương đối giữa mặt đất và mặt nước tăng lên nhanh hơn. Nghiên cứu của Minderhoud và cộng sự cho thấy trong khoảng 25 năm qua, ĐBSCL đã bị lún trung bình khoảng 18 cm do khai thác nước ngầm quá mức; tốc độ lún hiện nay trung bình khoảng 1,1 cm/năm và có nơi vượt quá 2,5 cm/năm, cao hơn nhiều lần tốc độ nước biển dâng toàn cầu.

Nguyên nhân chính của hiện tượng này là việc khai thác nước dưới đất kéo dài để phục vụ sinh hoạt, nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản và công nghiệp. Khi nước ngầm bị bơm lên liên tục, áp lực trong các tầng chứa nước giảm xuống, khiến các lớp đất bùn sét mềm phía trên bị nén chặt và mất dần thể tích, làm bề mặt đất hạ thấp. Bên cạnh đó, sự suy giảm phù sa từ thượng nguồn do hệ thống đập thủy điện, khai thác cát lòng sông và tải trọng gia tăng từ đô thị hóa, giao thông cũng làm đồng bằng mất khả năng tự bồi đắp để bù lại phần đất bị nén lún. Vì vậy, sụt lún đất ở ĐBSCL là kết quả tổng hợp của cả tác động tự nhiên lẫn hoạt động phát triển thiếu bền vững của con người.

Hệ quả của sụt lún đất là làm cho địa hình vốn rất thấp của ĐBSCL ngày càng thấp hơn so với mực nước sông và mực nước biển, khiến nguy cơ ngập úng do triều cường, mưa lớn và lũ tăng lên rõ rệt. Khi mặt đất lún xuống, nước mặn cũng dễ dàng xâm nhập sâu hơn vào hệ thống sông rạch nội đồng; đồng thời mái bờ sông, bờ kênh và nền đất xây dựng trở nên mất ổn định, làm gia tăng sạt lở và hư hỏng cơ sở hạ tầng. Nhiều chuyên gia nhận định rằng nếu không kiểm soát được tốc độ lún, tác động cộng hưởng giữa sụt lún và nước biển dâng sẽ khiến nhiều khu vực ĐBSCL đối mặt với nguy cơ ngập thường xuyên ngay cả khi chưa xuất hiện các hiện tượng thời tiết cực đoan.